Um die Primärkapsel gegen Umwelteinflüsse zu schützen und die Austrocknung zu verzögern, wird ein zweiter Schrittbenötigt, der im Anschluss an die Verkapselung der Flüssigkeit erfolgt. Die funktionelle Außenhülle besteht dabei entweder aus Fetten/Wachsen, speziellen filmbildenden Polymeren oder diversen Harzen.

Neben der Erhöhung der mechanischen Stabilität fördert die funktionelle Außenhülle auch die Verwendbarkeit im 3D-Bioreaktor, da das Kapsel-System nach außen hin trocken ist.

Die Beschichtung mit der funktionellen Außenhülle erfolgt mittels Wirbelschichtcoating. Dabei bewegen sich die zu beschichtenden Partikel in einer Wirbel- oder Luftgleitschicht. Die Partikeloberflächen werden kontinuierlich mit eingesprühten Coating-Substanzen benetzt, die nach und nach immer dichtere und dickere Schichten bilden. Die Verwendung der Coating-Substanzen kann in Form von Lösungen oder Schmelzen (hot-melt) erfolgen.